La prestigiosa arquitecta Zaha Hadid diseñó la envolvente de la nueva estación y el estudio GLM Proyectos se encargó de la estructura interna. EuskoTren decidió en 2004 modificar la línea ferroviaria que atravesaba Durango dividiendo la ciudad en dos mitades. Para ello, se planteó reemplazar las vías existentes por unas vías soterradas. De esta manera, surgió la necesidad de una nueva estación ferroviaria soterrada. Además, se decidió también construir un nuevo edificio de oficinas que alojase la nueva sede de EuskoTren, así como un centro comercial parcialmente soterrado.